Wprowadzenie
Repozytorium
Plan pracy
| Data | R | Metabolomika |
|---|---|---|
| 17.09 | Trzy poziomy R. Konfiguracja środowiska. | peakPantheR |
| 24.09 | Zarządzanie kodem w R. | peakPantheR |
| 01.10 | Pakiety w R. | xcms (version >= 3) |
| 08.10 | Wczytywanie i manipulowanie danymi | xcms (version >= 3) |
| 15.10 | Gramatyka grafiki. | xcms (version >= 3) |
| 22.10 | Zaawansowane wizualizacje danych. | Heatmapy jak w XCMS Plus |
| 29.10 | Zaawansowane wizualizacje danych. | METASPACE |
| 05.11 | Zaawansowane wizualizacje danych. | METASPACE |
Krystyna Grzesiak
- Matematyk (ze specjalnością analiza danych),
- Miłośniczka R i proteomiki,
- uwielbia wspinaczkę i Czarka.
3x R
Dlaczego 3x R?
Pracować w R możemy na trzy różne sposoby.
- Pisać skrypty od początku.
- Wykorzystywać gotowe funkcje.
- Używać GUI w Shiny.
Pisać skrypty od początku
Wykorzystywać gotowe funkcje
Source
Używać GUI w Shiny
Run App
Konfiguracja środowiska R
Instalacja R
Instalacja RStudio
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
Instalacja pakietów
Za pomocą kodu:
\[\\[0.1in]\]
install.packages("data.table")
remove.packages("data.table")
W RStudio
Odinstalowywanie pakietów w RStudio
Ładowanie pakietów
Za pomocą kodu:
\[\\[0.1in]\]
library(data.table)
detach("package:data.table", unload = TRUE)
W RStudio
peakPantheR
Dlaczego peakPantheR?
(..) automated, scalable and high-throughput targeted annotation and integration software that is suited to the extraction of hundreds of features in large LC–MS profiling experiments.
Dlaczego peakPantheR?
- jest 3x R,
- jest paczką z Bioconductora, która wymaga nieco więcej wysiłku przy instalacji niż paczki z CRANu,
- jest bardzo aktywnie wspierany.
Dlaczego peakPantheR?
- jest 3x R,
- jest paczką z Bioconductora, która wymaga nieco więcej wysiłku przy instalacji niż paczki z CRANu,
- jest bardzo aktywnie wspierany.
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phenomecentre/peakPantheR")
library(peakPantheR)Dlaczego peakPantheR?
- jest 3x R,
- jest paczką z Bioconductora, która wymaga nieco więcej wysiłku przy instalacji niż paczki z CRANu,
- jest bardzo aktywnie wspierany.
Rozwój peakPantheRa
Instalacja peakPantheRa
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("peakPantheR")
library(peakPantheR)
peakPantheR_start_GUI(browser = TRUE)