Wprowadzenie

Repozytorium

Plan pracy

Data R Metabolomika
17.09 Trzy poziomy R. Konfiguracja ƛrodowiska. peakPantheR
24.09 Zarządzanie kodem w R. peakPantheR
01.10 Pakiety w R. xcms (version >= 3)
08.10 Wczytywanie i manipulowanie danymi xcms (version >= 3)
15.10 Gramatyka grafiki. xcms (version >= 3)
22.10 Zaawansowane wizualizacje danych. Heatmapy jak w XCMS Plus
29.10 Zaawansowane wizualizacje danych. METASPACE
05.11 Zaawansowane wizualizacje danych. METASPACE

Krystyna Grzesiak

  • Matematyk (ze specjalnoƛcią analiza danych),
  • MiƂoƛniczka R i proteomiki,
  • uwielbia wspinaczkę i Czarka.

3x R

Dlaczego 3x R?

Pracować w R moĆŒemy na trzy rĂłĆŒne sposoby.

  1. Pisać skrypty od początku.
  2. Wykorzystywać gotowe funkcje.
  3. UĆŒywać GUI w Shiny.

Pisać skrypty od początku

Wykorzystywać gotowe funkcje

Source

UĆŒywać GUI w Shiny

Run App

Konfiguracja ƛrodowiska R

Instalacja R

Instalacja RStudio

Instalacja pakietĂłw

Za pomocą kodu:

\[\\[0.1in]\]

install.packages("data.table")
remove.packages("data.table")

W RStudio

Odinstalowywanie pakietĂłw w RStudio

Ɓadowanie pakietów

Za pomocą kodu:

\[\\[0.1in]\]

library(data.table)
detach("package:data.table", unload = TRUE)

W RStudio

peakPantheR

Dlaczego peakPantheR?

(..) automated, scalable and high-throughput targeted annotation and integration software that is suited to the extraction of hundreds of features in large LC–MS profiling experiments.

Dlaczego peakPantheR?

  • jest 3x R,
  • jest paczką z Bioconductora, ktĂłra wymaga nieco więcej wysiƂku przy instalacji niĆŒ paczki z CRANu,
  • jest bardzo aktywnie wspierany.

Dlaczego peakPantheR?

  • jest 3x R,
  • jest paczką z Bioconductora, ktĂłra wymaga nieco więcej wysiƂku przy instalacji niĆŒ paczki z CRANu,
  • jest bardzo aktywnie wspierany.
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phenomecentre/peakPantheR")
library(peakPantheR)

Dlaczego peakPantheR?

  • jest 3x R,
  • jest paczką z Bioconductora, ktĂłra wymaga nieco więcej wysiƂku przy instalacji niĆŒ paczki z CRANu,
  • jest bardzo aktywnie wspierany.

RozwĂłj peakPantheRa

Instalacja peakPantheRa

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("peakPantheR")
library(peakPantheR)
peakPantheR_start_GUI(browser = TRUE)